El coro situado en el centro de la nave central, pero ocupando los laterales y dejando libre el centro. Es obra moderna realizada en madera, por los Talleres Salesianos de Pamplona en la primera mitad del siglo XX en estilo neogótico. Se trata de dos cuerpos laterales de dos alturas cada uno, el inferior es de traza sencilla, mientras que el superior es bastante más elaborado. Así en los respaldos de los asientos, pares de ángeles y monjes en alternancia, sostienen diversos escudos realizados con laminas de cobre esmaltados. Los escudos representan a los diversos donantes (personas o instituciones) que han colaborado en la reconstrucción del monasterio. 

Detrás de la bancada del coro por el lado de la epístola se sitúa el órgano que se encuentra a nivel de suelo.